Tanggal 20 Juni 2003, STKIP St. Paulus Ruteng kembali membuka Program Studi PGSD (D-II) dan Sarjana (S-I) berdasarkan DEPDIKNAS melalui Dirjen DIKTI dengan surat ijinan Nomor: 1253/D/T/2003.
Tahun 2013, STKIP St. Paulus Ruteng mengembangkan sayap kesempatan bagi masyarakat dengan membuka Prodi PG-PAUD, Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia, dan STIKES St. Paulus.
Pada 20 Mei 2019 STKIP St. Paulus dan STIKES St. Paulus dilebur menjadi satu Universitas, yakni Universitas Katolik Indonesia Santu Paulus Ruteng berdasarkan SK Menristekdikti Republik Indonesia.
Pada tahun 2020 UNIKA St. Paulus Ruteng membuka Fakultas Pertanian, Prodi Peternakan, dan Teknik Sipil.
Penulis: Faustina Andu
